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微生物菌肥有非常多的优点，具体表现在以下几个方面：
微生物菌肥是一种活性肥料，主要依靠微生物在土壤中的繁殖，改变土壤结构，调节根系菌群，形成有利于微生物生长的新环境，微生物肥效的发挥不仅需要微生物本身的活性，还与外界气候条件密切相关。
通过有益菌的大量繁殖，在植物根系周围形成优势种群，防止其它有害菌的生命活动，分解土壤有机物，促进土壤颗粒的形成，通过有益细菌的活动疏松土壤，土壤的肥料、肥料、水、水和透气性得到了很好的调节，分解土壤中的农药残留物，避免农药残留物对下一季度作物造成伤害。植物生长过程也通过根系排放的有害物质进行分解。
微生物菌肥活菌的数量和强度合适时，微生物菌肥料可以起到正常的作用，其外部条件包括温度、土壤湿度、土壤养分、光照强度和土壤酸碱度。只有在合适的外部条件下，微生物菌肥料才能起到正常的作用。菌种繁殖大，新陈代谢产生有利于植物生长的元素，从而提高土壤肥力。
可以部分利用空气中的氮，通过有益菌的生长代谢产生相应的酶和酸，分解土壤中不溶性的磷和钾肥，成为植物可以吸收的磷和钾肥，可以大大提高作物对肥料的利用率，在解磷、解钾的同时，还能促进土壤微量元素的释放，被作物利用，同时有益菌代谢产生多种植物所需的物质，如小分子氨基酸，生长刺激物，维他命等。
微生物菌肥在气候、土壤条件适宜的情况下，进入土壤后，会产生生理活性物质：植物生长激素嘭乙酸、赤霉素和多种维他命等，可以促进细胞分裂，促进植物生长，提前开花，提高品质。一些菌株还分泌一些刺激性维他命，以促进作物生长。
