微生物菌剂是通过人工培育和筛选生物菌株，经过特定的处理制成的一种能够促进和调节土壤和水质环境的微生物制品。它能够很好地促进土壤中的有机质分解，提升土壤肥力，抑制土壤病原菌的生长繁殖，调节水质中的有害物质，减少污水处理成本等作用。虽然微生物菌剂在环境治理中发挥了重要作用，但也存在一些负面影响。

一、仍需要更多证据证明其环境安全性

微生物菌剂对环境的影响仍然需要通过更多的研究来证明。例如，微生物菌剂可能会改变土壤和水体中的微生物群落结构和数量，从而影响生态系统的平衡。此外，微生物菌剂可能对生物多样性产生影响，短期内可能会抑制一些有害生物的生长，但是在长期使用过程中，它也可能会对环境中的其他生物产生不利影响。因此，在使用微生物菌剂之前，需要对其安全性进行彻底的评估。

二、存在过量使用的风险

因为微生物菌剂具有促进植物生长的作用，所以有些人容易过量使用，但这也存在一定的风险。一方面，如果过多使用，会对土壤中的微生物生态系统产生破坏，甚至会因微生物菌剂的过量使用导致微生物生态系统的崩溃。另一方面，过量使用造成的产品积累也可能对植物和生态系统造成不良影响。因此，我们需要注意用量，注意使用方法，以免产生负面影响。

三、存在传病风险

微生物菌剂的制备过程中会经过多次的筛选和培养，可以排除那些带有致病菌的菌株，一般来说微生物菌剂是安全的。但是，在使用过程中，还是需要考虑到可能存在传播病原菌的风险。特别是在使用肠道菌群制备的微生物菌剂时，需要严格遵循规定的制备过程，避免病原菌的传播。

四、不能与化学农药混用

微生物菌剂的应用需要注意化学农药的干扰，因为化学农药可能会抑制微生物菌剂的成长和生长。在配合使用这些化学物质之前，需要对其可能产生的协同作用和不良影响进行充分评估。此外，还需要注意等待一段时间后再使用微生物菌剂，以免药剂之间产生负面影响。

总之，微生物菌剂作为一种环境治理的工具，可以在很多场合下实现环境管理的目标，但需要注意使用时的风险和注意事项，以从多方面保障其环境安全性。同时，对于对微生物菌剂环境安全性的评估工作，也需要进行更深入的研究，以保证环境管理的高质量和长期可持续性。